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In the field of molecular modeling, docking is a method which predicts the preferred orientation of one molecule to a second when a ligand and a target are bound to each other to form a stable complex. Knowledge of the preferred orientation in turn may be used to predict the strength of association or binding affinity between two molecules using, for example, scoring functions.

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type
label
  • Acoplamiento molecular
  • Amarrage (moléculaire)
  • Docking (Chemie)
  • Docking (molecular)
  • Acoblament molecular
  • Docagem Molecular
  • Docking (chimica)
  • Docking (moleculair)
  • Docking (molekuler)
  • Dokování
  • Dokowanie molekularne
  • Молекулярний докінг
  • Молекулярный докинг
  • التحام جزيئي
  • ドッキング (分子)
comment
  • الالتحام الجزيئي (بالإنجليزية: molecular docking)‏ في مجال النمذجة الجزئية هي طريقة تتنبأ بالاتجاه المفضل لأحد الجزيئين بالنسبة للثاني عند ارتباطهما ببعضهما لتشكيل مركب. معرفة الاتجاه المفضل قد تُستخدم في التنبؤ بقوة الاقتران أو ألفة الارتباط بين الجزيئات باستخدام دوال الحرز مثلا. يلعب الارتباط بين الجزيئات الحيوية ذات الصلة مثل البروتينات، الببتيدات، الأحماض النووية، السكريات والليبيدات دورا رئيسا في توصيل الإشارة. فضلا عن ذلك، يمكن أن يؤثر الاتجاه النسبي للجزيئين المتآثرين على نوع الإشارة الناتجة (كمثال: ناهضة ومناهضة) وعليه فإن الالتحام مفيد في التنبؤ بكل من قوة ونوع الإشارة المنتجة.
  • Molekulares Docking (kurz Docking, dt.: Ankuppeln, Einpassen) ist ein bioinformatisches/chemoinformatisches Verfahren, mit dem der Bindungsmodus und idealerweise auch die Bindungsenergie zweier aneinanderbindender Biomoleküle vorhergesagt wird. Docking wird typischerweise in der molekularbiologischen und der pharmazeutischen Forschung eingesetzt. Ein Hauptanwendungsgebiet ist die Suche nach Wirkstoffkandidaten für ein pharmazeutisch relevantes Problem. Mit Hilfe von Dockingmethoden können große Substanzmengen virtuell auf Bindung an ein Zielmolekül getestet werden. Diese in silico Bindungsstudien sind deutlich schneller und kostengünstiger als vergleichbare Verfahren im Nasslabor, jedoch in aller Regel von spürbar geringerer Genauigkeit.
  • Acoplamiento molecular o Docking (del inglés, anclarse). En el campo del Modelado molecular, este es un método que predice la conformación preferida de una molécula, al estar unida a otra, con el fin de formar un complejo estable.​ El conocimiento de la orientación preferida a su vez puede ser usada para predecir la fuerza de la asociación o la afinidad de enlace entre dos moléculas, usando por ejemplo, las funciones de puntuación (o funciones de scoring)
  • Il docking molecolare, nel campo della modellistica molecolare, è un metodo che predice l'orientamento preferito di una molecola verso una seconda quando queste si legano fra di loro per formare un complesso stabile. La conoscenza dell'orientamento preferito può essere utilizzata per predire la forza di un'associazione o di un legame proteina-ligando tra due molecole utilizzando per esempio le .
  • 分子モデリングの分野では、ドッキング(英: Docking)は、安定なタンパク質複合体を形成するために互いに結合したときに、ある分子の第2の分子に対する好ましい配向を予測する方法である。好ましい配向の知識を使用すれば、例えばスコアリング関数を使用して、2つの分子間の会合の強さや結合親和性を予測することができる。 タンパク質、ペプチド、核酸、炭水化物、脂質などの生物学的に関連する分子間の関連付けは、シグナル伝達において中心的な役割を果たしている。さらに、相互作用する2つのパートナーの相対的な配向は、生成されるシグナルの種類(例えば、アゴニスト対アンタゴニスト)に影響を与える可能性がある。したがって、ドッキングは、生成されるシグナルの強度と種類の両方を予測するのに有用である。 分子ドッキングは、低分子リガンドの適切なターゲット結合部位への結合コンホメーションを予測できるため、構造に基づいた医薬品設計 (structure-based drug design; SBDD) において最も頻繁に使用される手法の一つである。結合挙動の特性評価は、基本的な生化学的プロセスを解明するだけでなく、薬剤の合理的な設計においても重要な役割を果たしている。
  • Молекулярний докінг (або молекулярне стикування) — це метод молекулярного моделювання, який дозволяє передбачити найбільш вигідну для утворення стійкого комплексу орієнтацію і положення однієї молекули по відношенню до іншої.
  • Молекуля́рный до́кинг (англ. Molecular docking) — метод молекулярного моделирования, позволяющий предсказать наиболее выгодную для образования устойчивого комплекса ориентацию и конформацию одной молекулы (лиганда) в сайте связывания другой (рецептора). Данные о положении и конформации партнеров используются для предсказания силы взаимодействия посредством так называемых оценочных функций. В случае, если лиганд является макромолекулой, докинг называют макромолекулярным.
  • Dokowanie molekularne (ang. molecular docking) – metoda komputerowa pozwalająca na predykcję preferowanej pozycji ligandu po związaniu się z makromolekułą (np. białkiem) w jej miejscu wiążącym w celu utworzenia stabilnego kompleksu oraz interpretację występujących interakcji pomiędzy związanym ligandem a makrocząsteczką.
  • Op het gebied van moleculair modelleren is docking een methode om de geprefereerde oriëntatie van een molecuul te voorspellen wanneer deze gebonden is aan en een stabiel complex vormt met een ander molecuul. Kennis van die voorkeursoriëntatie kan vervolgens gebruikt worden om de sterkte van de bindings affiniteit tussen de twee moleculen te bepalen, bijvoorbeeld met behulp van scoringsfuncties.
  • In the field of molecular modeling, docking is a method which predicts the preferred orientation of one molecule to a second when a ligand and a target are bound to each other to form a stable complex. Knowledge of the preferred orientation in turn may be used to predict the strength of association or binding affinity between two molecules using, for example, scoring functions.
  • A Docagem Molecular, também conhecida como Acoplamento molecular, Ancoragem molecular ou Docking, no campo da modelagem molecular, é um método que prevê a orientação preferencial de uma molécula a uma segunda, quando ligados entre si para formar um complexo estável. O conhecimento da orientação preferida por sua vez pode ser utilizado para prever a força de associação ou a afinidade de ligação entre duas moléculas, por exemplo, utilizando funções de scoring ou funções de pontuação.
  • Dans le domaine de la modélisation moléculaire, l’amarrage (en anglais docking) est une méthode qui calcule l'orientation préférée d'une molécule vers une seconde lorsqu'elles sont liées pour former un complexe stable. Connaître l'orientation préférée sert à prévoir la solidité de l'union entre deux molécules.
  • Dokování je v oblasti molekulárního modelování in silico metodou, která předpovídá preferovanou orientaci jedné molekuly k druhé při vzájemné vazbě (dochází ke stavbě komplexu). Znalost preferované orientace může být použita k predikci síly asociace molekul, popř. mezi těmito molekulami. Tuto předpověď lze kvantifikovat pomocí skórovací funkce. Asociace mezi biologicky aktivními molekulami, jako jsou proteiny, peptidy, nukleové kyseliny, sacharidy a lipidy hraje významnou roli především při přenosu signálu. Kromě toho může interakce dvou interagujících partnerů ovlivnit typ produkovaného signálu (agonismus vs. antagonismus). Dokování je tedy důležité i z pohledu predikce produkovaného signálu.
  • En el camp de la simulació molecular, l'acoblament molecular (o docking) és un mètode que prediu l'orientació i la conformació preferida que adopta una molècula en interaccionar amb una altra. L'acoblament es fa servir freqüentment per predir com una molècula petita s'uneix de forma no covalent a una proteïna i també l'afinitat i l'activitat de la molècula petita. Per aquesta utilitat, l'acoblament molecular té un paper molt important en la indústria farmacèutica com a eina per a desenvolupar un disseny racional de molècules actives.
  • Dalam ilmu biologi molekuler dan bioinformatika, docking merupakan salah satu metode yang dapat memprediksi interaksi antar molekul, dapat berupa protein termasuk enzim, DNA, karbohidrat, lemak terhadap substrat, tetapi lebih banyak yang mengeksplorasi terhadap enzim. Hasil yang diharapkan adalah dapat memprediksi interaksi yang stabil dan bersifat spontan, dapat dilihat melalui derajat yang semakin negatif.Saat ini docking sudah digunakan dalam mendesain obat-obatan maupun , dan digunakan sebagai tahap seleksi awal dari banyak substrat sehingga pada saat percobaan pada laboratorium basah akan semakin mudah karena jumlah sampel uji semakin sedikit, walaupun dapat terjadi ketidaksesuaian antara hasil bioinformatika dengan laboratorium basah (false positive atau false negative).
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